1551 V 10 - Odbyły się egzekwie po śmierci Barbary Radziwiłłówny.
1551 V 25 - Wyruszył kondukt żałobny do Wilna z ciałem zmarłej Barbary Radziwiłłówny.
1551
- Według tradycji mistrz czarnoksięstwa Twardowski wywołał na zamku wawelskim ducha zmarłej królowej Barbary Radziwiłłówny i ukazał go królowi.
- W Krakowie ukazało się dzieło Andrzeja Frycza Modrzewskiego De Republica emendanda (O poprawie Rzeczypospolitej) - wydanie skrócone ze względu na cenzurę kościelną, oraz Kronika wszystkiego świata Marcina Bielskiego.
- Miasta Kraków i Kazimierz nawiedzone są przez zarazę, epidemia trwa do 1552 roku.
- W pobliżu rynku w żydowskiej części Kazimierza (ulica Szeroka) powstał nowy cmentarz, nazwany później Remuh.
- Konrad Krupka został pozwany przed sąd przez biskupa Andrzeja Zebrzydowskiego. Pozwany został oskarżony o organizowanie nabożeństw, podawanie komunii pod dwoma postaciami i demoralizowanie otoczenia.
- Piotr Rojzjusz zakończył cykl wykładów prawa rzymskiego w Akademii.
1552
- Pierwsze w Krakowie jawne nabożeństwo ewangelickie, zorganizowane przez syna Justa Decjusza w willi ojca na Woli Justowskiej.
- Rozpoczął swą działalność w Krakowie Grzegorz Paweł z Brzezin, pisarz i teolog ariański, jeden z głównych twórców i propagatorów radykalnego nurtu Braci Polskich.
- Wykładowca Akademii Krakowskiej Franciszek Stankar, po ucieczce z więzienia, wydaje dzieło o reformie kościoła w Polsce.
- Rektorem szkoły talmudycznej (jesziby) w Kazimierzu, założonej na początku XVI wieku przez Jakuba Polaka, został Mojzesz Isserles.
1553 II 1 - Sejm zwyczajny rozpoczął obrady, trwały do 29 marca 1553 roku.
1553 III 29 - Sejm zakończył obrady, trwały od 1 lutego 1553 roku.
1553 VI 30 - Między Radą Miejską kazimierską a kahałem doszło do układu w sprawie zaokrąglenia i powiększenia obszaru Miasta Żydowskiego, o tereny odkupione od chrześcijan.
1553 VI - Do Krakowa przybyła Katarzyna Habsburżanka, narzeczona królewska.
1553 VII 29 - Uroczysty wjazd i ślub Katarzyny Habsburżanki, trzeciej żony Zygmunta.
1553 VII 30 - Koronacja Katarzyny Habsburżanki, w czasie uroczystości koronacyjnych sale zamkowe ozdobiono arrasami.
1553
- Władze wyraziły zgodę na otwarcie cmentarza Remuh.
- Rozpoczęcie budowy bożnicy Remu prowadzonej staraniem Izraela Auerbacha dla jego syna Mojżesza Isserlesa, na zapleczu własnego domu. Autorem mógł być kazimierski budowniczy Stanisław Baranek .
1554
- W Bazylei ukazało się dzieło Sebastiana Mϋnstera Cosmographia z opisem i widokiem Krakowa.
- Szczyt produkcji materiałów budowlanych: w cegielniach miejskich Krakowa wyprodukowano 383000 cegieł, 11500 dachówki okrągłej, 9000 dachówki szerokiej oraz 59000 płyt posadzkowych.
1555 III 9 - W zameczku na Gródku, gdzie podejmowani byli ucztą - zapewne przez Tarnowskich - rajcy krakowscy, urządzono przedstawienie teatralne.
1555
- W Krakowie powstał pierwszy stały zbór ewangelicki.
- Pożar zniszczył znaczną część Sukiennic.
- Wybuchła wielka zaraza. Pojawiła się najpierw w Mieście Żydowskim, potem także wśród uboższej ludności chrześcijańskiej w Kazimierzu i na Garbarach.
1556 V 5 - Pożar zniszczył wnętrze kościoła św. Katarzyny, runęło częściowo sklepienie.
1556
- Pożary dotknęły część zamku i wieżę ratuszową.
- Wiosną zaraza, która rok wcześniej wybuchła w mieście żydowskim, zaatakowała Kraków i pochłonęła wiele ofiar.
- Rozpoczął działalność edytorską Maciej Wierzbięta.
- Miasto wizytował Jerzy Izrael, minister braci czeskich.
1557 VIII 17 - Ksiądz Grzegorz Paweł, który został mianowany przez synod stałym duszpasterzem zboru krakowskiego, przeprowadził pierwsze publiczne nabożeństwo w Krakowie, w ogrodzie Bonerowskim.
1557 X 28 - Rozpoczęły się tumulty skierowane przeciw różnowiercom. Studenci Akademii napadli na kondukt pogrzebowy Reginy Filipowskiej, żony Hieronima, posła, zwolennika Reformacji. Różnowiercy odpowiedzieli kontrdemonstracją.
1557
- Pożar części miasta żydowskiego wraz z drewnianą wówczas synagogą Remuh.
- Jan Łaski naucza w kamienicy Jana Bonera.
1558 X 18 - Uruchomiono pierwszą polską pocztę, łączącą Kraków przez Wiedeń i Graz z Wenecją. Kierował nią dworzanin królewski i bankier Prosper Provana.
1558
- Ksiądz Daniel Biliński został mianowany kaznodzieją dla niemieckiej części zboru ewangelickiego.
- Zakończenie budowy bożnicy Remu.
- Bartłomiej Groicki wydał u Łazarza Andrysowicza pierwszą książkę prawniczą po polsku Artykuły prawa magdeburskiego, które zowią Speculum Saxonum.
1559 II 27 - Ukarano publicznie wielokrotnego złodzieja, przyłapanego w końcu na kradzieży pieczęci królewskiej. Wożono go po mieście, i na granicy każdego z czterech kwartałów piętnowano rozpaloną cechą kolejno na czole, prawej i lewej piersi i na plecach, a wreszcie powieszono na Pędzichowie.
1559 VI - Król Zygmunt II August na zawsze opuścił Kraków. Za jego panowania rezydencjalny charakter Krakowa zaczął wyraźnie zanikać.
1559 XI 26 - Profesor Akademii Krakowskiej Benedykt z Koźmina przekazał Akademii w testamencie 1 000 zł rocznie na zakup książek do biblioteki Kolegium Większego. Był to pierwszy stały fundusz na zakup książek, rozpoczynający systematyczny rozwój Biblioteki Akademii, dziś Biblioteki Jagiellońskiej.
1559
- Zakończono odbudowę Sukiennic. Zasklepiono główną halę, a w górnej kondygnacji urządzono tzw. szmatruz - miejsce sprzedaży cenniejszych towarów.
- Andrzej Patrycy Nidecki skorzystał z gościny Piotra Myszkowskiego, chroniąc się w okresie szalejącej w mieście zarazy w jego rezydencji w Bieżanowie.
1560
- W rachunkach miejskich występuje 9 mistrzów nowego rzemiosła: kartowników tzn. producentów kart do gry.
- Biskupem krakowskim został Filip Padniewski, wybitny humanista.
1561 XI 23 - Piekarze pozacechowi mieszkający w Biskupiem i Pędzichowie uzyskali przywilej, zezwalający na swobodną działalność produkcyjną.
1561 - Grzegorz Paweł z Brzezin, w związku ze swoimi ariańskimi sympatiami, zmuszony był opuścić Kraków.
1562 X 16 - W Krakowie odbył się synod kalwiński, na którym zbór krakowski podzielił się na dwa zbory: kalwiński i ariański.
1562 - Zakończono odbudowę kościoła św. Katarzyny zniszczonego pożarem 5 maja 1556 roku.
1563
- 31 mistrzów pracowało w krakowskim cechu złotniczym i 4 w Kazimierzu.
- Według inwentarza skarbca katedry krakowskiej znajdowało się w nim 120 złotych kielichów, 170 relikwiarzy i monstrancji, 600 świeczników, 600 tkanin itp.
- Zygmunt II odesłał żonę, Katarzynę Austriaczkę, do Radomia i rozpoczął starania o rozwód.
- Najstarsza wzmianka o bożnicy Wysoka.
1564
- Kalwini założyli swoje gimnazjum za sprawą Krzysztofa Trecego, teologa i podróżnika.
- Burmistrz Czeczotka połączył dwa sąsiednie domy na rogu dzisiejszych ulic Wiślnej i św. Anny i stworzył niemal magnacka rezydencję w centrum miasta.
1565 XII 22 - Król potwierdził dożywotni charakter urzędu radzieckiego.
1565
- Na mocy postanowień sejmowych burgrabia zamku krakowskiego miał na nim stale przebywać, równocześnie określono liczbę załogi na 300 pieszych.
- Rozpoczęto budowę attyki na zamku.
- Budowniczy Gabriel Słoński wzniósł arsenał miejski (wielką zbrojownię) koło bramy Floriańskiej.
- Zygmunt II August podarował Bractwu Kurkowemu, słynnego srebrnego kura i złoty łańcuch, wybitne dzieło polskiego złotnictwa renesansowego.
- Król nakazał staroście krakowskiemu zamurowanie jaskiń, zwanych "smoczymi jamami", u podnóża wzgórza wawelskiego.
- W Krakowie powstało pierwsze gimnazjum ewangelickie.
1566
- Na Rynku wokół Sukiennic znajdowały się 342 kramy.
- Maciej Wirzbięta, drukuje przeróbkę dzieła Baltazara Casiglione Il corteggiano pod tytułem "Dworzanin polski", autorstwa Łukasza Górnickiego.
- Ukazała się pierwsza książka techniczna, napisana przez Polaka i wydana po polsku: Geometria to jest miernicka nauka Stanisława Grzepskiego.
1567 XI 18 - Zygmunt August wydał przywilej na mocy którego poczta królewska przeszła pod zarząd Sebastiana Montelupiego.
1567 XI 21 - Rozkazem Rady Miejskiej został ścięty Franciszek Wolski.
1567 XII 16 - Odbył się tłumny pogrzeb Franciszka Wolskiego.
1567 - Powstał cech introligatorów skupiający 12 mistrzów krakowskich i 3 kazimierskich.
1568 IX 30 - Wybuchły nowe zaburzenia na tle wyznaniowym. Niejaki Tomasz Tarnawski wdarł się do bursy prawników przy ulicy Grodzkiej i zamordował kanonika Stanisława Grota, oskarżyciela o nieprawowierność w kurii biskupiej.
1568
- W drukarni Macieja Wirzbięty wydano z pięknymi drzeworytami "Zwierciadło" Mikołaja Reja, zawierała między innymi Żywot człowieka poczciwego.
- Na Kazimierzu powstała drukarnia żydowska należąca do Izaaka ben Arona Prostica (z Prościejowa).
1569 II 1 - Poczta królewska na mocy przywileju z 18.11.1567 przeszła pod zarząd rodziny Montelupich, którzy ją usprawnili i rozbudowali.
1569 VI 12 - Król Zygmunt polecił Radzie Miejskiej ulepszyć usuwanie nieczystości z miasta i zaniechać odprowadzanie ich do Rudawy.
1569 - Za bramą Mikołajską powstał ewangelicki cmentarz wyznaniowy, który był potem przedmiotem napaści, zhańbienia grobów i zwłok.
1570
- Ewangelicy krakowscy zakupili kamienicę przy ul. Św. Jana z przeznaczeniem na swój zbór.
- Rozpoczęła działalność drukarską oficyna Piotrkowczyków.
- Do krakowskiego cechu muratorów i kamieniarzy został przyjęty Jan Michałowicz.
1571 VIII 26 - Otwarcie zboru protestanckiego przy ul. św. Jana (zwanego Brogiem z powodu stromego dachu).
1571
- Klęska głodu w Krakowie.
- Uległy zburzeniu tamy na Wiśle koło Skałki, odtąd główny nurt Wisły skierował się na południe od Kazimierza.
- Folwark kazimierski zostaje przesunięty na polecenie rajców w pobliże murów miejskich.
1572 V 2 - Król wystawił przywilej udzielający protestantom krakowskim prawa utrzymywania zboru w zakupionej kamienicy i bezpiecznego wykonywania kultu.
1572 V 16 - Biskup Filip Padniewski został pochowany w swojej kaplicy w katedrze wawelskiej.
1572 - Kierownikiem szkoły kalwińskiej został Jan Thenaud.
1573
- Ukazała się druga książka techniczna, napisana przez Polaka i wydana po polsku: O sprawie, sypaniu, wymierzaniu i rybieniu stawów Olbrychta Strumieńskiego.
- Wybrukowany został Rynek kazimierski.
1574 II 9 - Na Prądnik dotarło z Knyszyna ciało króla Zygmunta Augusta.
1574 II 11 - Kondukt żałobny z Prądnika złożył ciało króla Zygmunta w katedrze wawelskiej.
1574 II 12 - W kościołach krakowskich odbywały się nabożeństwa żałobne po śmierci króla Zygmunta.
1574 II 13 - Na Wawelu pochowano króla Zygmunta II.
1574 II 17 - Elekt Henryk Walezy z orszakiem zatrzymał się w Balicach po Krakowem.
1574 II 18 - Na bronowickich błoniach witał elekta cały senat, wojsko, szlachta i krakowscy mieszczanie.
1574 II 21 - Koronacja Henryka Walezego przez prymasa Jakuba Uchańskiego.
1574 II 22
- Rada Miejska złożyła przysięgę wierności nowemu królowi.
- Rozpoczął się sejm koronacyjny, trwał do 2 kwietnia 1574 roku.
1574 II 25 - Samuel Zborowski, podczas gonitw zorganizowanych dla uczczenia koronacji Henryka Walezego, zranił śmiertelnie Andrzeja Wapowskiego i został za to skazany na banicję.
1574 IV 2 - Zakończył się sejm koronacyjny, trwał od 22 lutego 1574 roku.
1574 VI 14
- Anna Jagiellonka, uważana za narzeczoną Henryka Walezego, wyprawiła bal na zamku królewskim.
- Do Krakowa przybył Andrzej Dudycz z wieścią, że dwa tygodnie wcześniej zmarł w Vincennes Karol IX.
1574 VI 18 - W nocy z 18/19 król Henryk na wiadomość o śmierci swego brata, Karola IX, uszedł potajemnie, w przebraniu, do Francji.
1574 VI 19 - Na stole w królewskiej sypialni znaleziono listy tłumaczące decyzję króla Henryka o ucieczce z wawelu do Francji.
1574 VI 30 - Rada miejska zarządziła rodzaj próbnego alarmu dla sprawdzenia stanu obrony murów miejskich.
1574 VII 7 - Czeladnicy stolarscy wnieśli skargę na mistrzów, a tytułem odszkodowania za poniesione krzywdy zażądali od nich beczki piwa.
1574 X 10 - Wielki tumult na tle religijnym, wywołany przez młodzież uniwersytecką i szkolną i zaatakowanie zboru ewangelickiego.
1574 X 11 - Tłum wdarł się do zboru ewangelickiego, zdemolował wnętrze, podpalił księgi "heretyckie" i zniszczył świątynię.
1574 X 12 - Rozproszono tłum, który zniszczył zbór ewangelicki, ujęto na miejscu kilku uczestników (byli to nie studenci, lecz terminatorzy rzemieślniczy), których ścięto przed ratuszem.
1575 VI 16 - Miał miejsce tzw. "tumult cmentarny", kiedy to gawiedź krakowska wykopała zwłoki wojewody krakowskiego, ewangelika Stanisława Myszkowskiego oraz innych osób, uczestnicy zajść włóczyli je po mieście i stawiali pod murem nogami do góry.