1576 II 28 - Do Krakowa przybyła Anna Jagiellonka, aby tu oczekiwać na ślub ze Stefanem Batorym.
1576 III 31 - Odbył się sejm koronacyjny w Krakowie, trwał do 29 maja 1576 roku.
1576 IV 23 - Uroczysty wjazd Stefana Batorego.
1576 V 1 - Ślub i koronacja Batorego i Anny Jagiellonki dokonana przez biskupa kujawskiego Stanisława Karnkowskiego.
1576 V 29 - Zakończył się sejm koronacyjny, trwał od 31 marca 1576 roku.
1577 VII 5 - Do Krakowa przeniesiony został Piotr Myszkowski, biskup płocki.
1577 X 24 - Zatwierdzenie statutu cechu kartowników.
1577 XII 18 - Ingres biskupa Piotra Myszkowskiego.
1577
- Sprofanowanie nagrobków na cmentarzu różnowierców.
- W Kolonii ukazało się dzieło J. Brauna i F. Hohenberga Civitates Orbis Terrarum z dłuższym opisem Krakowa i pięknym jego widokiem, wykonanym przez Mateusza Meriana - Vischera.
1578
- W Drukarni Łazarzowej ukazało się czołowe polskie dzieło medyczne, traktat Wojciecha Oczki Cieplice.
- Stefan Batory wydał "ordynację dobrego porządku", poszerzającą kompetencje "40 mężów".
- Mieszczanin krakowski Aleksander Gwagnin wydał w Krakowie Sarmatiae Europeae descriptio.
- Kraków na krótko odwiedził Faust Socyn.
1579 IV 1 - Przybyli pierwsi jezuici - dwaj Włosi. Założyli placówkę misyjną. Zatrzymali się przy parafii św. Szczepana.
1579
- Do Krakowa przybył i tu zamieszkał Faust Socyn.
- Na Kazimierzu wybrukowano ulicę Piekarską.
- Jakub Górski przeprowadził reformę wydziału sztuk wyzwolonych.
1580 - W Drukarni Łazarzowej ukazał się tom pism Jana Kochanowskiego Lyricorum libellus.
1581
- Spis pokazał, że Miasto Żydowskie zamieszkuje ponad 2 tysiące ludzi, a znacznie większą chrześcijańską część około 1,1 tysiąca.
- Drukarnia Łazarzowa wydała dzieło Wojciecha Oczki Przymiot.
1583 II 25 - Jezuici objęli kościół św. Barbary i ustanowili tu swoją rezydencję.
1583 VI 8 - Gmina żydowska zawarła układ z magistratem kazimierskim o rozszerzenie "miasta żydowskiego".
1583 VI 12 - Ślub Jana Zamoyskiego z bratanicą królewską Gryzeldą Batorówną udzielony przez biskupa kamienieckiego i opata mogilskiego Marcina Białobrzeskiego.
1583 - Na Kazimierzu osiedlają się Augustianki, w drewnianym domu w rejonie dzisiejszej ulicy Piekarskiej 3, otrzymanym od krakowskiego biskupa - sufragana.
1584 V 11 - Z rozkazu Jana Zamoyskiego, który działał jako starosta grodzki krakowski posiadający władzę sądowniczą, ujęto pod Krakowem Samuela Zborowskiego.
1584 V 26 - Jako banita został bez sądu ścięty pod basztą Senatorską Samuel Zborowski.
1584 V - Przełożonym domu zakonnego jezuitów został Piotr Skarga.
1584 X 7 - Powstało Bractwo Miłosierdzia opiekujące się ubogimi.
1584 XI 11 - Przyjęto pierwszy statut Bractwa Miłosierdzia.
1586 V 5 - Uchwałą Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego została powołana do życia pierwsza świecka szkoła średnia Kolegium Nowodworskiego. Tradycję szkoły kontynuuje I Liceum Ogólnokształcące im. Bartłomieja Nowodworskiego.
1587 V 7 - Podburzone przez fanatycznych księży tłumy katolickie napadły na zbór ewangelicki Bróg, niszcząc księgi i podpalając wnętrze. Tumult trwał przez 3 dni.
1587 V 10 - Zakończyły się trzydniowe rozruchy antyprotestanckie związane z napaścią i podpaleniem Brogu.
1587 IX 8 - Do Krakowa przybył Jan Zamoyski i przygotował się do obrony miasta przed arcyksięciem Maksymilianem Habsburgiem (wybranym przez mniejszość szlachty na króla Polski). Skoncentrował około 8 000 ludzi i 150 dział.
1587 IX 25 - Rajcy zgromadzeni na ratuszu zadeklarowali, na pokrycie wydatków na obronę, z własnych, prywatnych kieszeni dużą kwotę 1 850 złp. stanowiącą około 18% wszystkich dochodów miejskich z poprzedniego roku.
1587 IX 29 - Kanclerz Jan Zamoyski odebrał przysięgę wierności od magistratu i od mieszczan, którzy zobowiązali się stać przy wybranym na króla królewiczu szwedzkim Zygmuncie.
1587 X 7 - Przed obliczem starosty krakowskiego i przedstawicieli szlachty odbył się popis miejskiej siły zbrojnej w liczbie około 500 osób.
1587 X 9 - Przystąpiono do burzenia domków usadowionych w pobliżu miejskich fortyfikacji, a na mury wciągano armaty.
1587 X 14 - Maksymilian ze swym wojskiem i popierającymi go panami polskimi stanął w Zielonkach pod Krakowem.
1587 X 15 - Maksymilian rozbił obóz w Toniach, a następnie założył kwaterę główną w opactwie w Mogile.
1587 XI 15 - Został odparty atak wojsk Maksymiliana na Zamek Królewski na Wawelu.
1587 XI 23 - Zamoyski spodziewając się szturmu Maksymiliana kazał spalić przedmieście Garbary.
1587 XI 24 - Wojska Maksymiliana o świcie, wykorzystując ogrody karmelitańskie i dworki sprzyjających księciu garbarzy niemieckich, przypuściły generalny atak od strony bramy Szewskiej. Po ciężkiej walce nieprzyjaciel został odparty i wycofał się do Zielonek.
1587 XI 27 - W obawie przed powtórnym szturmem wojsk Maksymiliana, hetman Zamoyski podjął decyzję spalenia całych Garbar, Krupnik i Rybitw, aby uniemożliwić nieprzyjacielowi ewentualną zasadzkę.
1587 XI 29 - Maksymilian zrezygnował z dalszego oblężenia i zarządził odwrót swoich wojsk w stronę Śląska.
1587 XII 9 - Do Krakowa wjechał witany uroczyście królewicz Zygmunt.
1587 XII 10 - Rozpoczął obrady sejm koronacyjny, trwał do 20 stycznia 1588 roku.
1587 XII 27 - Koronacja Zygmunta III, dokonana przez prymasa Stanisława Karnkowskiego.
1587 XII 28 - Król Zygmunt III przyjął w Rynku przysięgę wierności od mieszczan.
1587
- W oficynie drukarskiej Siebeneichera Marcin Bielski wydał Rozmowę nowych proroków, dwu baranów o jednej głowie, starych obywatelów krakowskich.
- Pożar Kleparza i Garbar.
- Piotr Skarga założył przy Bractwie Miłosierdzia instytucję pod nazwą Komora Potrzebnych (tzn. potrzebujących), zwaną też Bank Pobożnych, a wzorowaną na włoskich montes pietatis.
1588 I 1 - Król Zygmunt po raz pierwszy był na nabożeństwie i kazaniu u św. Barbary, co miało odtąd stać się jego corocznym zwyczajem, jeśli tylko w Krakowie przebywał. Poznał wówczas jezuitę księdza Piotra Skargę, którego powołał na nadwornego kaznodzieję.
1588 I 13 - Jan Zamoyski wyruszył z Krakowa na ostateczną rozprawę z arcyksięciem Maksymilianem.
1588 I 20 - Zakończył obrady sejm koronacyjny, trwał od 10 grudnia 1587 roku.
1588 I 24 - Zwycięstwo Jana Zamoyskiego nad arcyksięciem Maksymilianem w bitwie pod Byczyną na Śląsku, Maksymilian trafił do Zamościa jako więzień.
1588 I 27 - Na wiadomość o zwycięstwie Zamoyskiego pod Byczyną dzwoniono w "Zygmunta" i śpiewano dziękczynne Te Deum.
1588 III 1 - Kasztelan biecki Mikołaj Firlej, na zakończenie karnawału, wydał obiad dla króla Zygmunta, królowej Anny, królewny szwedzkiej Anny, połączony z tańcami i gonitwą do pierścienia.
1588 III 13 - Król zaakceptował wilkierz, żeby powoływać ławników spośród dwunastu mężów, a rajców spośród ławników.
1588 IV 7 - Z inicjatywy rektora Akademii Krakowskiej powołano komisję założycielską dla utworzenia szkoły średniej przy Uniwersytecie.
1588 IV 18 - Przy Akademii Krakowskiej postanowiono powołać do życia szkoły prywatne tzw. scholae privatae.
1588 V 23 - W Katedrze Wawelskiej odbył się pogrzeb Stefana Batorego.
1588 VII 1 - Na Rynku spalono niejakiego Zakrzewskiego, który dokonał morderstwa w kościele Karmelitów na Piasku.
1588 - Pomór w Krakowie.
1589 V 30 - Spalono publicznie (na Rynku) dwóch mincerzy, co monetę fałszywą kowali w jednym ogrodzie przed Mikołajską bramą.
1589
- Pożar kramów w Rynku, spłonął cały Kleparz.
- Ścięto grabarza, który w czasie pomoru mordował ludzi.
1590 - Na mocy konstytucji sejmowej kupcy obcy, opuszczający kraj, mieli zostawiać w mieście dziesiątą część swego majątku.
1591 V 5 - Pod wieczór procesje z kościołów udały się pod dom przy ulicy Floriańskiej, gdzie zmarł kasztelan żarnowski, Jan Myszkowski i stamtąd jego ciało uroczyście przeniesiono do kościoła Dominikanów.
1591 V 6 - Do kościoła Dominikanów, w uroczystej procesji z dużą liczbą duchowieństwa, sprowadzono ciało biskupa Piotra Myszkowskiego.
1591 V 7 - W kościele Dominikanów, przy zwłokach senatorów Jana i Piotra Myszkowskich odprawiono uroczystą mszę żałobną, na której był obecny król Zygmunt III, po czym złożono trumny do krypty pod kaplicą, którą wkrótce przebudowano na okazałe mauzoleum rodzinne Myszkowskich.
1591 V 23 - Wybuchł trzydniowy ogromny tumult antydysydencki, zakończony spaleniem Brogu i zniszczeniem cmentarza różnowierczego.
1591 V 26 - Zakończył się tumult antydysydencki, Bróg, a także drewniany zbór ariański przy ulicy Szpitalnej zostały doszczętnie zniszczone i już ich nie odbudowano. Zbór przeniesiono do Aleksandrowic.
1591 VIII 11 - Wybuchła zaraza, która pochłonęła kilka tysięcy ofiar.
1591
- Pożar na Stradomiu.
- Rozpoczęto pozłacanie dachówek na kaplicy Zygmuntowskiej.
1592 V 26 - Odbył się uroczysty wjazd Anny Austriaczki do Krakowa.
1592 V 31 - Biskup krakowski, kardynał Jerzy Radziwiłł udzielił ślubu królowi i arcyksiężniczce Annie, po czym biskup kujawski Hieronim Rozrażewski ukoronował młodą królową.
1592 VI 4 - W ramach tygodniowych uroczystości weselnych po ślubie Anny i Zygmunta III urządzono na zamku "maszkary" (widowisko kostiumowe).
1592 VI 7 - Na zakończenie tygodniowych uroczystości weselnych towarzyszących ślubowi Anny i Zygmunta III odbył się wielki pochód kostiumowy na Rynku krakowskim, a po nim "gonitwy w maszkarach" z udziałem króla.
1592 - Piotr Skarga założył Bractwo Betanii św. Łazarza. Zebrane składki służyły pomocy dotkniętym zarazą.
1593
- W Krakowie ukazało się znakomite tłumaczenie Nowego Testamentu, dokonane przez jezuitę Jakuba Wujka.
- Dwukrotnie wylała Wisła, podczas pierwszej powodzi został zupełnie zalany kościół Bernardynów.
- Zakończono pozłacanie dachówek na kaplicy Zygmuntowskiej.
1594 IV 17 - Dokonano kanonizacji św. Jacka.
1594 VII 7 - Uroczyście obchodzono kanonizację św. Jacka.
1594 IX 30 - Kupiec z Kołoszwaru (Kluż) Benedykt Bornomissa wywiózł z Krakowa dziesięć postawów sukna morawskiego, kilkanaście różnych tkanin zachodnioeuropejskich, pończochy, haftki oraz szafran, imbir i cukier.
1594 X 2 - Uroczysty wjazd Zygmunta III Wazy, wracającego ze Szwecji po koronacji na króla szwedzkiego.
1595 I 29 - Groźny pożar zniszczył północną część Wawelu.
1595 II 6 - Król dokonał otwarcia obrad sejmu w Krakowie, które trwały do 21 marca 1595 roku.
1595 III 21 - Zakończono obrady sejmu w Krakowie, obrady trwały od 6 lutego 1595 roku.
1595 VII 7 - Marcin Szyszkowski założył Arcybractwo Męki Pańskiej przy kościele Franciszkanów.
1595
- Wytyczono teren pod budowę kościoła św. św. Piotra i Pawła.
- Stracono dwóch szlachciców: jeden oskarżony był o rozbój, drugi o porwanie niewiasty.
1596 III 8 - Zygmunt III wyjechał na sejm do Warszawy.
1596 XI 12 - Na Wawelu odbył się pogrzeb królowej Anny.
1597 VI 23 - Poświęcono kamień węgielny pod jezuicki kościół św. św. Piotra i Pawła. Budowę rozpoczął Józef Britius.
1597 - Pożar na Kazimierzu.
1598 - Dwukrotny wylew Wisły.
1599 III 10 - W wyniku zwady między krawcem Jarząbkiem a dwoma szlachcicami Gawrońskimi doszło do profanacji kościoła Mariackiego. Jarząbek schronił się w świątyni, a Gawrońscy wpadli za nim i "haniebnie usiekli".
1599 X 16 - Na Wawelu pochowana została królowa Anna Austriaczka.
1599
- W Drukarni Łazarzowej ukazała się w całości, tłumaczona przez Jakub Wujka, Biblia, to jest Księgi Starego i Nowego Testamentu.
- Populacja miasta wynosiła około 30 000 mieszkańców.
- Pomór w Krakowie.
1600 VIII 12 - Biskup Bernard Maciejowski odbył uroczysty ingres.
1600 X 19 - W Katedrze Wawelskiej została odprawiona msza dziękczynna za zwycięstwo Jana Zamojskiego nad hospodarem mołdawskim Michałem Walecznym. Płomienne kazanie wygłosił ksiądz Piotr Skarga.
1600 - Rada Miejska wprowadziła oficjalnie do ksiąg miejskich język polski obok używanej łaciny i języka niemieckiego.